Escritor y médico en Beneixama

El 1873 obtuvo el título de licenciado en Medicina y Cirugía. Al poco tiempo volvió a su pueblo, Beneixama, para residir en él por siempre jamás. Consiguió la plaza de médico del pueblo que había dejado vacante su padre. Atendía los enfermos de Beneixama, el Camp de Mirra, Cañada y las numerosas masías diseminadas por el campo. Tenía la obligación de permanecer en el pueblo y no podía salir sin permiso de la autoridad. Sin derecho a vacaciones, se comprende que pocas veces abandonara su localidad y que no fuera a recoger los numerosos premios conseguidos. Dos años después se casó en Valencia con Josefa Sanjuán, con quién tuvo seis hijos. Desafortunadamente, en los años posteriores Pastor Aicart tuvo que ver la muerte de los cuatro últimos hijos. Además, el 1885, el año de la epidemia del cólera, también murió su esposa, junto a uno de los hijos. Él mismo era el médico de Beneixama y recibió la ayuda de su padre para hacer frente a una enfermedad que se llevó, sólo durante el mes de agosto, a 45 personas. Serían unos años duros para él, plasmados en poemas donde expresa el dolor por las muertes cercanas, “A mí hija Rosita” o “Elegía a Pepica”. La profunda fe religiosa le ayudó a continuar adelante, a pesar de todo. Aun así, se notó una menor presencia del autor en la prensa valenciana del momento, aunque durante aquellos años no dejó de escribir, seguramente acudiendo a la pluma como forma de alivio y consuelo, como decía Joan Fuster sobre Corella, haciendo literatura terapéutica. 
El verano de 1886 realizó una de las escasas salidas de su pueblo. Llevó a unos enfermos de la comarca a la clínica del doctor Pasteur en París para procurarles tratamiento contra la rabia. El médico de Beneixama anotó todos los gastos en un cuaderno, seguramente porque el viaje estaba subvencionado por la Diputación y tenía que justificarlos. 
En 1887 Joan Baptista se volvió a casar, con Escolástica Valdés, diecisiete años más joven que él. Y tuvieron un hijo, Juan, el cual también ejerció de médico en Beneixama siguiendo la tradición familiar. Este hijo destacó en el estudio, archivo y transcripción de la obra de su padre.
Por la correspondencia que se conserva al Archivo, sabemos que Pastor Aicart mantuvo contacto epistolar con el otro paisano ilustre del siglo XIX, el cardenal Payá y Rico, cuando éste era arzobispo de Santiago de Compostela. Así consta en las cartas que recibió Pastor del médico y escritor gallego Juan Barcia Caballero, con quien mantuvo una relación cordial basada en la proximidad ideológica y de gustos entre ambos. En tres ocasiones hace referencia Juan Barcia al cardenal Payá e, incluso, nos detalla la tristeza que sienten cuando reciben carta de Pastor Aicart informándolos de la muerte del hijo y de la mujer a raíz del cólera.
El año 1868, cuando tenía 19 años, ya ganó su primer premio en Lleida convocado por la Academia Bibliográfico-Mariana. Aquí mismo ganó más adelanto otros dos más y siete accésits; algunas composiciones estaban escritas en catalán. Más tarde, el 1874 consiguió premio en Girona y en el Ateneo Científico-literario de Valencia. Con 25 años ya había conseguido once premios, siete de ellos escritos en su lengua materna.
El año 1876 es muy abundante en méritos: cinco premios y cuatro accésits; uno de ellos en el Ateneo de Barcelona. El año 1877 gana premios en Lorca, La Coruña,y Córdoba, en este caso por un ensayo sobre la influencia del catolicismo en las artes y la ciencia; además de cinco accésits en Barcelona, Lleida y Girona. Casi todos los años se llevaba algún premio. En la prosa siempre utilizaba el castellano, como era habitual en muchos autores de la renaixença.
Podemos decir que el premio más importante le llega cuando gana la Flor Natural de los Juegos Florales de Valencia en 1895. Hasta aquel momento había obtenido 39 galardones (31 en castellano y 8 en catalán) y de éstos, 33 eran en poesía, 4 en ensayo y 2 piezas teatrales. Esta colección de premios era conocida por sus coetáneos y así queda reflejado en un poema de Constantí Llombart y Josep Sanmartín donde dicen que Pastor escribe mucho y que está “como el perejil” en todos los certámenes. 
Incluso le encontramos un reconocimiento en el extranjero, puesto que fue nombrado el 1883 miembro del Accademia Letteraria dell’Arcadia de Roma con el título de “Pastore Arcade” y el apodo de Nicostrato Condileo, seguramente por intermediación del Cardenal Payà, tal como consta en el estudio de Martínez Sanchis. 
El 1884 recibió el título de Caballero de la Orden Española de Isabel la Católica, gracias a sus méritos sociales y literarios. Fue otorgado por el Marqués de Acapulco en nombre del rey Alfonso XII y figura entre los documentos del Museo Pastor Aicart de Beneixama. 
Al mismo tiempo, continuó publicando artículos, especialmente en Alcoi y Alicante, también alguno en Novelda. En el diario El Alicantino aparecen dieciséis epístolas tituladas “La sociedad moderna: cartas a un amigo”, variante de lo que más tarde será La novela moderna. En dichas cartas recomienda a su amigo Leocadio (destinatario interno de los artículos) que no abandone la forma de vida tradicional y que desconfíe del progreso, contrario a la doctrina religiosa. En ellas revisa la convulsa situación política de finales del XIX. También apareció una reseña sobre el funeral de su paisano, el cardenal Payá (3 de marzo de 1892). Dentro de este diario fueron editándose los poemas del libro Ecos del alma, colección de 57 poesías en castellano, algunas premiadas en certámenes. El 1890 esta compilación fue editada en la imprenta de Antonio Seva en Alicante, y consta de 250 páginas. Junto a poemas más personales e íntimos, aparecen también los habituales de carácter religioso.